TRÌNH TỰ POMPE VÀ MPSI VÀ PHÂN LOẠI BIẾN THÁI

Sở Dịch vụ Xét nghiệm Hợp nhất (DCLS) đã xây dựng một quy trình đánh giá mở rộng để đánh giá ý nghĩa lâm sàng của một biến thể. Quá trình này bắt đầu bằng việc thu thập tất cả thông tin có sẵn về một biến thể. Thông tin được nhóm giải thích biến thể tại DCLS xem xét và diễn giải bằng cách sử dụng các tiêu chí và quy tắc bắt nguồn từ các khuyến nghị do Viện Di truyền và Y học Di truyền Hoa Kỳ (ACMG) [1].

Hướng dẫn của ACMG xác định các tiêu chí 28 và các quy tắc để kết hợp các tiêu chí đó nhằm đáp ứng một trong năm phân loại ý nghĩa lâm sàng sau:

- Gây bệnh - trực tiếp góp phần vào sự phát triển của bệnh
- Có khả năng gây bệnh - rất có khả năng góp phần gây ra bệnh
- Ý nghĩa không chắc chắn (VOUS) - bằng chứng không đầy đủ hoặc mâu thuẫn
- Có khả năng lành tính - không dự kiến sẽ góp phần vào sự phát triển của bệnh
- Lành tính - không góp phần vào sự phát triển của bệnh

Các tiêu chí này tính đến một số đặc điểm nhất định của biến thể cho thấy tác động của nó trong cơ thể con người và vai trò của nó trong bệnh tật, cũng như sự đồng thuận chung của cộng đồng khoa học. DCLS sử dụng các tiêu chí xác định nhất áp dụng cho rối loạn được quan tâm.

Phân loại của biến thể có thể thay đổi không?

Mỗi ngày, chúng ta lại phát hiện thêm thông tin mới về các biến thể gây bệnh và do đó, quá trình giải thích và phân loại biến thể là một nhiệm vụ liên tục. DCLS sử dụng các phương pháp thực hiện tìm kiếm thông tin mới này hàng tuần và sau khi xác định được, sẽ xác định ý nghĩa lâm sàng của thông tin đó. DCLS sẽ theo dõi và báo cáo mọi thay đổi phân loại có ý nghĩa lâm sàng bằng cách ban hành báo cáo sửa đổi. Khi có thông tin mới có ý nghĩa lâm sàng, có ba loại sửa đổi phân loại biến thể có thể xảy ra:

Một sửa đổi lành tính là bất kỳ thay đổi nào đối với phân loại của biến thể mà vẫn duy trì hoặc củng cố cách giải thích theo hướng có ý nghĩa lành tính. Đây là những loại thay đổi phổ biến nhất xuất phát từ việc theo dõi phân loại biến thể trong thời gian dài.
Sửa đổi gây bệnh là bất kỳ thay đổi nào đối với phân loại biến thể giúp duy trì hoặc củng cố cách giải thích theo hướng có ý nghĩa gây bệnh.
Đảo ngược phân loại là bất kỳ thay đổi nào đối với phân loại của biến thể trái ngược với phân loại đã báo cáo trước đó. Việc đảo ngược phân loại rất hiếm khi xảy ra do mức độ và chất lượng bằng chứng cần thiết để đáp ứng các phân loại chắc chắn hơn.

Độ chính xác của phân loại biến thể là bao nhiêu?

Phân loại được báo cáo của một biến thể phản ánh sự đồng thuận của tất cả thông tin hiện có cho Chương trình Sàng lọc Trẻ sơ sinh tại thời điểm phát hiện biến thể. Quá trình xác định phân loại thông qua việc đánh giá thông tin đó đòi hỏi phải có nhiều dòng bằng chứng đồng ý. Khi các bằng chứng tăng lên, sự tin tưởng của chúng ta về ý nghĩa lâm sàng của một biến thể cũng tăng lên, chuyển phân loại từ chưa biết sang khả năng cho đến khi các nhà khoa học có thể đạt được phân loại dứt khoát về lành tính hoặc gây bệnh. Khi được tuân thủ chính xác, các hướng dẫn chuyên nghiệp báo cáo khả năng 90% liên quan đến các phân loại " có khả năng " [1,2].

Tài liệu tham khảo:

Richards S, Aziz N, Bale S, và cộng sự. Tiêu chuẩn và hướng dẫn giải thích các biến thể trình tự: khuyến nghị đồng thuận chung của Học viện Di truyền và Y khoa Hoa Kỳ và Hiệp hội Bệnh lý Phân tử. Genet Med. 2015;17(5):405–424. doi:10.1038/gim.2015.30
Harrison, SM và Rehm, HL (2019). "Có khả năng gây bệnh" thực sự có khả năng là 90% không? Dữ liệu phân loại lại trong ClinVar. Y học bộ gen, 11(1), 72. doi:10.1186/s13073-019-0688-9

Con tôi đã được giải trình tự nhưng không tìm thấy biến thể/đột biến nào. Điều này có nghĩa là gì?

Quá trình giải trình tự các Rối loạn lưu trữ Lysosome xác định các biến thể hiếm gặp trong gen gây ra rối loạn được sàng lọc. DCLS định nghĩa biến thể hiếm là biến thể có mặt ở dưới 5% dân số. Khi kết quả "Không tìm thấy biến thể" được báo cáo, điều này có nghĩa là không có biến thể hiếm, dù là biến thể gây bệnh hay lành tính, nào được phát hiện trong gen gây bệnh có liên quan. Trong phạm vi sàng lọc, chúng ta có thể nói rằng không có chỉ số nào được biết đến của rối loạn được sàng lọc được tìm thấy.

Mục đích của việc sàng lọc trẻ sơ sinh là xác định những trẻ sơ sinh có kết quả cho thấy nguy cơ mắc bệnh cao. Việc bổ sung trình tự bậc hai làm tăng tính đặc hiệu của sàng lọc bằng cách quan sát kỹ hơn một nhóm trẻ sơ sinh có nguy cơ cao để lọc ra những trẻ không có đặc điểm di truyền nào được biết đến về một rối loạn.

Phân loại Ý nghĩa không chắc chắn có nghĩa là gì?

Phân loại có ý nghĩa không chắc chắn được áp dụng cho một biến thể mà hiện tại chưa có đủ thông tin hoặc thông tin mâu thuẫn về vai trò của biến thể đó trong bệnh tật. Khi có thêm thông tin về biến thể đó, thường là kết quả của nghiên cứu và kết quả điều trị cho bệnh nhân, các phòng thí nghiệm có thể cung cấp phân loại có nhiều thông tin hơn. Biến thể này có thể hoặc không thể được xác định là có ý nghĩa lâm sàng vào thời điểm sau đó, vì vậy tất cả trẻ sơ sinh được Chương trình sàng lọc trẻ sơ sinh phát hiện có biến thể có Ý nghĩa Không chắc chắn đều được chuyển đến các chuyên gia di truyền để đánh giá.

Báo cáo sửa đổi là gì?

Báo cáo sửa đổi sẽ được phòng xét nghiệm sàng lọc ban hành khi có sự thay đổi trong kết quả xét nghiệm. Đối với kết quả phân tích biến thể cụ thể, các báo cáo đã sửa đổi sẽ thông báo cho bạn về sự thay đổi trong phân loại biến thể do dữ liệu khoa học được cập nhật.
Cộng đồng nghiên cứu về bệnh di truyền liên tục khám phá ra thông tin mới về các biến thể gây bệnh. Do đó, việc diễn giải và phân loại biến thể là một quá trình liên tục phát triển. Khi DCLS phân loại một biến thể, biến thể đó sẽ được phân loại dựa trên sự đồng thuận của tất cả thông tin khoa học và y tế hiện có mà DCLS có tại thời điểm đó. Khi thông tin mới được phát hiện và đánh giá, nó có thể dẫn đến những thay đổi phân loại có thể có ý nghĩa lâm sàng. Bảng sau đây nêu bật ba loại Tu chính án và những thay đổi phân loại có thể có:

Chương trình sàng lọc trẻ sơ sinh của Virginia cam kết đảm bảo phân loại biến thể chính xác nhất cho các rối loạn ở trẻ sơ sinh được DCLS sàng lọc. Do đó, chúng tôi sẽ gửi báo cáo sửa đổi cho cả người nộp ban đầu và người cung cấp dịch vụ chăm sóc có trong hồ sơ về bất kỳ thay đổi nào đối với phân loại biến thể.

Một sửa đổi có thể thay đổi cách diễn giải chung về các kết quả trước đó. Nhà cung cấp dịch vụ chăm sóc nên đánh giá tổng hợp tất cả dữ liệu biến thể được báo cáo cho bệnh nhân.